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    實時熒光定量PCR的優化(五)

    發布時間: 2021-10-12  點擊次數: 1082次

    想要提高探針的的效果,可以考慮在探針上采用LNA(鎖核酸)堿基或MGB(小溝結合劑)基團。


    這樣做的效果是:

    1、增強探針與靶序列的雜交強度。增強結合的特異性后,背景噪聲降低,從而提高整個實驗的靈敏度。


    2、一般為滿足設計要求,AT序列豐富的探針需要長達40個核苷酸。通過LNA堿基或MGB的取代,可以將長度減少至13~20個核苷酸,而不影響效果。


    為什么這樣的方法可以提高探針的效果?


    LNA堿基是一種核苷酸類似物,其化學結構可以限制DNA構象為理想的Waston-Crick雙螺旋結構。每插入1個LNA堿基,可以使Tm值增加3~6°C。


    MGB基團是一個能結合到DNA小溝的三肽分子,能與互補的單鏈DNA高特異性、高強度地結合。


    例如SNP基因分型實驗,要求所有引物、探針復性溫度一致的多重PCR實驗,就很適合使用這個方法。


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